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小米手机设置短信加密的方法有多种，以下是一些常见的方式。
应用锁
1、打开小米手机，在桌面找到“设置”图标，点击进入。
2、在设置菜单中，找到并点击“应用锁”选项。
3、进入应用锁页面后，找到需要加密的短信应用，点击开启应用锁功能。
4、根据提示绘制图案或设置数字密码，确保自己能记住。
5、设置完成后，返回桌面，打开短信应用时就需要输入密码才能进入了。
方法二：私密短信设置
1、在短信界面长按菜单键或者点击短信列表上方的设置图标。
2、进入短信设置选项后，找到“私密短信”选项并点击进入。
3、输入自己的隐私密码或进行指纹识别验证。
4、进入私密短信设置后，将需要加密的短信添加到私密短信列表中，添加后，这些短信将会被加密保护。
方法三：系统自带隐私保护设置
1、在小米手机的“设置”中，找到并点击“隐私保护”选项。
2、进入隐私保护后，找到并点击“隐私应用锁”选项。
3、在应用列表中找到短信应用并开启应用锁功能，之后每次打开短信应用时都需要输入密码才能访问。
不同的MIUI版本可能在操作细节上有所不同，建议根据自己的手机版本进行相应的调整，为了保证手机安全，请设置一个复杂且不易被破解的密码。